Dwanaście lat przed wydarzeniami, na których koncentruje się seria, lisi demon o dziewięciu ogonach zaatakował wioskę Konoha. Atak spowodował chaos i śmierć wielu ludzi. Sytuację opanował Czwarty Hokage, który pokonał Dziewięcioogoniastego (jap. 九尾 Kyūbi), poświęcając swoje własne życie i oddając duszę Bogu Śmierci, aby zapieczętować demona wewnątrz nowo narodzonego dziecka, Naruto Uzumaki. Czwarty Hokage po zapieczętowaniu Lisiego Demona został uznany za bohatera.
Zasada ustanowiona przez Trzeciego Hokage zabroniła mieszkańcom osady opowiadać o tamtym zdarzeniu komukolwiek. Naruto dorastał w samotności, bez przyjaciół i rodziny. Szukał uznania i uwagi w jedyny sposób, jaki znał – poprzez popisywanie się i rozrabianie.
Seria śledzi dojrzewanie i rozwijanie umiejętności Naruto i jego przyjaciół, akcentując ich wzajemne interakcje i wpływ przeszłości na ich osobowości. Naruto zaprzyjaźnia się z Sasuke Uchihą i Sakurą Haruno, dwojgiem młodych ninja, którzy razem z nim tworzą trzyosobową drużynę pod dowództwem doświadczonego nauczyciela Kakashiego Hatake.
Największe tajemnice serii to pytania o tożsamość i motywacje postaci. Historia rodziców Naruto, cele, które kierują postępowaniem Kabuto Yakushiego, tożsamość tajemniczego przywódcy Akatsuki.
